O CEI conta com diversas modalidades de apoio às empresas:
Incubação residente ou interna: as empresas ficam instaladas em módulos do CEI; compartilham infraestrutura e recebem acompanhamento e serviços da equipe do CEI.
Incubação externa: as empresas operam em suas próprias instalações, mas têm acesso à infraestrutura e aos serviços da equipe do CEI.
Pré-incubação: empreendedores potenciais recebem atendimento para análise do potencial de negócios, projetos inovadores e recebem apoio na organização da empresa até sua formação jurídica.
Apoio a projetos de inovação: abriga empresas que buscam agregar inovações a seus serviços através de projetos desenvolvidos em parceria com pesquisadores do INF.