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O PPGC – Programa de Pós-graduação em Computação sedia vários grupos de pesquisa. O programa conta com 43 professores e mais de 250 estudantes de mestrado e de doutorado. O PPGC prioriza os estudantes com dedicação integra. Todos os estudantes com dedicação integral recebem bolsas de estudo de agencias brasileiras. Desde 1973, o PPGC graduou mais de 1100 mestres e 150 doutores. Atualmente é um dos cinco programas brasileiros classificados como de classe internacional pelo Ministério da Educação do Brasil.

Os professores e os estudantes participam regularmente dos principais eventos internacionais. Alguns professores do Instituto de Informatica também participam do programa de Pós-graduação em Microeletrônica (PGMicro). Como resultado desta cooperação, em 2008 foi criado o primeiro centro de treinamento brasileiro em projetos de circuitos integrados (VLSI).

O programa de Pós-graduação em Informatica na Educação também conta com a participação de professores do Instituto de Informatica. Este programa promove a pesquisa sobre o desenvolvimento de métodos educacionais modernos e é um centro de referencia em educação à distância.