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Grupos de Pesquisa | Bioinformática

O grupo de Bioinformática atua nas seguintes linhas de pesquisa: Biologia Computacional, visando o desenvolvimento de técnicas computacionais para solucionar problemas Biológicos; Métodos estatísticos, que compreende o estudo de técnicas de modelagem para sistemas estocásticos e probabilísticos e sua aplicação em problemas de bioinformática; Genômica, visando auxiliar as atividades de projetos de identificação e análise de genomas, recuperar e integrar informações de bases de dados heterogêneas; Aplicações de técnicas de Inteligência Artificial e Inteligência Computacional como classificação e agrupamento de dados de genoma e proteoma; Bioinformática Estrutural visando o desenvolvimento de métodos e estratégias computacionais para predição da estrutura tridimensional de polipeptídeos e atracamento  molecular; Programação massivamente paralela para Bioinformática; e computação bioinspirada. O grupo participou ou participa de projetos apoiados por agências de fomento CNPq, FAPERGS, CAPES.

Pesquisadores Membros do Grupo

Projetos recentes ou em andamento

2015 – Atual
Massive Parallel Metaheuristics for Structural Bioinformatics
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Financiador(es): Nvidia Corporation – Doação Equipamentos.
Coordenador: Márcio Dorn
Equipe: Márcio Dorn – Coordenador / Mario Instroza-Ponta – Integrante / Bruno Borguesan – Integrante / Mariel Barbachan e Silva – Integrante / Eduardo Spieler de Oliveira – Integrante / Jonas da Silveira Bohrer – Integrante / Mariana dos Santos Oliveira – Integrante / Leonardo de Lima Correa – Integrante.

2014 – Atual
Inferência e análise de redes regulatórias genéticas para investigação do papel dos microRNAs no desenvolvimento e progressão da insuficiência cardíaca
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico – Auxílio financeiro
Equipe: Mariana Recamonde Mendoza – Coordenador / Adriano Velasque Werhli – Integrante / Gerald Quon – Integrante / Andréia Biolo – Integrante / Nadine Oliveira Clausell – Integrante / Luis Eduardo Paim Rohde – Integrante / Daiane Silvello – Integrante / Juliana Gil Thomé – Integrante.
Coordenador: Mariana Recamonde Mendoza

2013 – Atual
Desenvolvimento de métodos e estratégias computacionais para a predição da estrutura tridimensional de polipeptídeos
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico – Auxílio financeiro.
Coordenador: Márcio Dorn
Equipe: Márcio Dorn – Coordenador / Luciana S. Buriol – Integrante / Hugo Verli – Integrante / Mario Instroza-Ponta – Integrante / Bruno Borguesan – Integrante.

2013 – 2015
Aplicação de Técnicas de Aprendizagem de Máquina e Otimização no Desenvolvimento de Estratégias Computacionais para a Predição em Silico da Estrutura Tridimensional de Proteínas
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul – Auxílio financeiro.
Coordenador: Márcio Dorn
Equipe: Márcio Dorn – Coordenador / Mario Inostroza – Integrante / Hugo Verli – Integrante / Luciana Salete Buriol – Integrante / Bruno Borguesan – Integrante.

2012 – 2015
Designing and constructing a scalable pipeline of graph-based methods for the analysis of gene expression data
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Financiador(es): Comisión Nacional de Investigacion Científica y Tecnológica
Coordenador: Mario Instroza-Ponta – Universidade de Santiago de Chile – Chile
Equipe: : Márcio Dorn – Integrante

2014 – Atual
Desenvolvimento e aplicação de estratégias de engenharia de proteínas e peptídeos visando aplicações biotecnológicas
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico – Auxílio financeiro.
Coordenador: Hugo Verli – Centro de Biotecnologia – UFRGS
Equipe: Márcio Dorn – Integrante / Hugo Verli – Coordenador / Yraima Moura Lopes Cordeiro – Integrante / Rafael Real Guerra – Integrante / Agueda Castagna de Vargas – Integrante / Charley Christian Staats – Integrante / Celia Regina Ribeiro da Silva Carlini – Integrante / Fernanda Staniscuaski – Integrante / Rodrigo Braun – Integrante.
Resultados de pesquisa recentes

  • Desenvolvimento de estratégias computacionais para a predição da estrutura tridimensional de polipeptídeos.
  • Definição de métodos para representação e recuperação de informações estruturais de proteínas determinadas experimentalmente.
  • Metodologia para construção in silico de polissacarídeos/carboidratos.
  • Metodologia para extração de padrões conformacionais de resíduos de aminoácidos em proteínas.
  • Desenvolvimento de modelos massivamente paralelos para cálculo de energia potencial em biomoléculas.
  • Concepção e definição de algoritmos para atracamento molecular.
  • Metodologias para integração de bases de dados heterogêneas.
  • Definição de metaheurísticas para predição da estrutura tridimensional de proteínas e atracamento molecular.
  • Ferramentas computacionais para a área da Bioinformática Estrutural.

Temas de Pesquisa

Metaheurísticas massivamente paralelas para problemas em Bioinformática Estrutural: criação e adaptação de metaheuristicas utilizadas em predição de estruturas de proteínas e atracamento molecular para plataformas de processamento massivamente paralelas (GPUS, GPGPU, etc).

Predição da Estrutura 3-D de Proteinas: desenvolvimento de algoritmos e estratégias computacionais para a predição da estrutura tridimensional de proteínas e peptídeos.

Algoritmos e estratégias computacionais para atracamento molecular proteina-ligante e proteína-proteína: desenvolvimento de algoritmos para estudo do processo de atracamento molecular proteína – ligante flexível e proteína-proteína.

Glicobiologia Computacional: criação de consolidação de bases de dados, métodos e estratégias computacionais para estudo de carboidratos e processos glicosídicos.

Desenvolvimento de técnicas de aprendizado de máquina e sua aplicação em Bioinformática Estrutural: análise de dados experimentais, predição da estrutura tridimensional de proteínas, atracamento molecular.

Desenvolvimento de metaheuristicas e sua aplicação em Bioinformática Estrutural: metaheurísticas para atracamento molecular, predição estrutura de polipeptídeos, glicosilação, algoritmos genéticos, algoritmos meméticos, etc.