O módulo whitespace permite que os brancos ao final de linhas sejam destacados. Para ativá-lo em todos os buffers, execute (ou coloque no .emacs):
(require 'whitespace) (whitespace-global-mode)
Também é possível fazer o ajuste do destaque dos brancos por arquivo com as variáveis locais do Emacs:
Local Variables: show-trailing-whitespace: t End: