Um buffer é, de maneira simples, um espaço em memória. Uma janela, é um espaço na tela onde o Emacs exibe o conteúdo de um buffer.
Por exemplo, quando você abre um arquivo no Emacs, ele na verdade o copia para um buffer, e, em seguida, abre uma janela e exibe o conteúdo deste buffer nesta janela.
Quando você altera este arquivo, você está alterando o conteúdo de um buffer, através de uma janela.
Apenas quando você salva este arquivo, o Emacs copia o conteúdo deste buffer para o arquivo no disco.
Janelas e buffers podem ser tratados de forma independente. Por exemplo: Quando você está editando um arquivo e tecla C-x 2 , o Emacs abre um nova janela e exibe o mesmo arquivo (isto é util para visualizar outra parte do arquivo que estamos editando sem precisar sair do ponto onde estamos). Este é um exemplo de um buffer sendo exibido em duas janelas.
Outro exemplo: Quando você está editando dois (ou mais) arquivos ao mesmo tempo, cada um em uma janela, e digita C-x 1, as outras janelas serão fechadas, restando apenas a que você está no momento, mas os outros buffers, com os outros arquivos, continuam lá. Nada foi perdido. Digite C-x C-b para ver a relação de buffers ativos no momento e C-x b para ir para outro buffer.