Lista de Disciplinas | CMP585

Tópicos Especiais em Computação DLXXXV: Bioinformática Estrutural

Responsável: Marcio Dorn
Pré-Requisitos: –
Carga Horária: 60 hs
Créditos: 4
Semestres Oferecidos: Primeiro semestre
Matrícula de Graduandos: A matricula poderá ser feita ou como Aluno Especial ou pela disciplina de código: BIO12024
Página da Disciplina: –

SÚMULA

Aplicacão de métodos computacionais, matemáticos e estatísticos nos problemas biológicos utilizando exemplos de estrutura, sequências de proteínas. Biologia Computacional: simulação computacional de interações protéicas. Estudos de estabilidade estrutural e mecanismo catalítico de proteínas. Modelagem de complexos protéicos, enzima-substrato e enzima-inibidor. Docking e Dinâmica Molecular como ferramentas de experimentação biológica.

OBJETIVOS

Esta disciplina visa proporcionar ao aluno a construção de conhecimentos e habilidades acerca do desenvolvimento e aplicação de ferramentas de bioinformática estrutural no âmbito da biotecnologia.

PROGRAMA

1. Noções de básicas de Bioinformática Estrutural.
2. Manipulacão de Estruturas de Biomoleculas.
3. Algoritmos para a predição da Estrutura Secundária de Proteínas.
4. Mineração de Dados Biológicos.
5. Algoritmos para a Predição da Estrutura Tridimensional de Proteínas.
6. Métodos Quânticos.
7. Métodos de Mecânica Molecular.
8. Docking Molecular.
9. Simulação de Reações Enzimáticas.

Aulas/Conteúdo
1 Recepção aos alunos e discussão da sistemática da disciplina.
2 Descrição da estrutura tridimensional de biomoléculas.
3 Manipulação da estrutura tridimensional de biomoléculas. Sobreposição de estruturas.
4 Discussão das ferramentas construídas pelos alunos.
5 C alculos em arquivos PDB: distâncias, ângulos e diedros.
6 Discussão das ferramentas construídas pelos alunos.
7 Descrição da estrutura secundária em proteínas (aspectos teóricos).
7 Descrição da estrutura secundária em proteínas (aspectos teóricos).
9 Algoritmos de predição de estrutura secundária.
10 Discussão das ferramentas construídas pelos alunos.
11 Mineração de dados aplicada a estruturas 3D.
12 Discussão das ferramentas construídas pelos alunos.
13 Discussão de artigos selecionados.
14 Métodos quânticos (aspectos teóricos).
15 Métodos quânticos (aspectos práticos).
16 Discussão dos resultados obtidos pelos alunos.
17 Métodos de mecânica molecular (aspectos teóricos).
18 Métodos de mecânica molecular (aspectos práticos).
19 Discussão dos resultados obtidos pelos alunos.
20 Simulações por dinâmica molecular (aspectos teóricos).
21 Simulações por dinâmica molecular (aspectos práticos).
22 Discussão dos resultados obtidos pelos alunos.
23 Modelagem comparativa (aspectos teóricos).
24 Modelagem comparativa (aspectos práticos).
25 Discussão dos resultados obtidos pelos alunos.
26 Docking proteína-proteína (aspectos teóricos).
27 Docking proteína-proteína (aspectos práticos).
28 Discussão dos resultados obtidos pelos alunos.
29 Docking proteína-ligante (aspectos teóricos).
30 Docking proteína-ligante (aspectos práticos).
31 Discussão dos resultados obtidos pelos alunos.
32 Discussão de artigos selecionados.
33 Simulação de reações enzim aticas (aspectos teóricos).
34 Simulação de reações enzim aticas (aspectos práticos).
35 Discussão dos resultados obtidos pelos alunos.
36 Seminário final.
37 Atividade de recuperação.

CRITÉRIOS DE AVALIAÇÃO

Procedimentos e/ou critérios de avaliação: A avaliação da disciplina será baseada na realização e apresentação de trabalhos, podendo ser suplantada pela discussão de artigos selecionados. A nota final ser a dada pela media das notas obtidas em cada uma das atividades realizadas.
Conceitos serão gerados conforme as regras de conversão que seguem:

Aproveitamento de 90% a 100% – Conceito A
Aproveitamento de 75% a 89% – Conceito B
Aproveitamento de 60% a 74% – Conceito C
Aproveitamento inferior a 60% – Conceito D
freqüência insuficiente à disciplina (menor que 75%) – Conceito FF

BIBLIOGRAFIA

Básica Essencial
Philip E. Bourne; Helge Weissig. Structural Bioinformatics. Wiley-Liss.

Básica
David L. Nelson; Michael M. Cox. Princípios de Bioquímica. Artmed
Andrew R. Leach. Molecular Modelling Principles and Applications. Pearson Prentice Hall, 2a ed.
Nelson H. Morgon; Kaline Coutinho. Métodos de Química Teórica e Modelagem Molecular. Livraria da Física.

Outros
Artigos científicos selecionados, distribuidos pelo professor.