{"id":695,"date":"2015-12-30T09:39:30","date_gmt":"2015-12-30T11:39:30","guid":{"rendered":"http:\/\/www.inf.ufrgs.br\/profcomp_wp\/?page_id=695"},"modified":"2016-12-20T12:38:11","modified_gmt":"2016-12-20T14:38:11","slug":"cmp585","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/www.inf.ufrgs.br\/profcomp\/lista-de-disciplinas\/cmp585\/","title":{"rendered":"CMP585"},"content":{"rendered":"

T\u00f3picos Especiais em Computa\u00e7\u00e3o DLXXXV: Bioinform\u00e1tica Estrutural<\/strong><\/h3>\n

Respons\u00e1vel<\/b>: Marcio Dorn<\/a>
\nPr\u00e9-Requisitos<\/b>: –
\nCarga Hor\u00e1ria<\/b>: 60 hs
\nCr\u00e9ditos<\/b>: 4
\nSemestres Oferecidos<\/b>: Primeiro semestre
\nMatr\u00edcula de Graduandos<\/b>: A matricula poder\u00e1 ser feita ou como Aluno Especial ou pela disciplina de c\u00f3digo: BIO12024
\nP\u00e1gina da Disciplina<\/b>: –<\/p>\n

S\u00daMULA<\/strong><\/p>\n

Aplicac\u00e3o de m\u00e9todos computacionais, matem\u00e1ticos e estat\u00edsticos nos problemas biol\u00f3gicos utilizando exemplos de estrutura, sequ\u00eancias de prote\u00ednas. Biologia Computacional: simula\u00e7\u00e3o computacional de intera\u00e7\u00f5es prot\u00e9icas. Estudos de estabilidade estrutural e mecanismo catal\u00edtico de prote\u00ednas. Modelagem de complexos prot\u00e9icos, enzima-substrato e enzima-inibidor. Docking e Din\u00e2mica Molecular como ferramentas de experimenta\u00e7\u00e3o biol\u00f3gica.<\/p>\n

OBJETIVOS<\/strong><\/p>\n

Esta disciplina visa proporcionar ao aluno a constru\u00e7\u00e3o de conhecimentos e habilidades acerca do desenvolvimento e aplica\u00e7\u00e3o de ferramentas de bioinform\u00e1tica estrutural no \u00e2mbito da biotecnologia.<\/p>\n

PROGRAMA<\/strong><\/p>\n

1. No\u0018\u00e7\u00f5es de b\u0013\u00e1sicas de Bioinform\u0013\u00e1tica Estrutural.
\n2. Manipula\u0018c\u00e3o de Estruturas de Biomol\u0013eculas.
\n3. Algoritmos para a predi\u0018\u00e7\u00e3o da Estrutura Secund\u0013\u00e1ria de Prote\u00ed\u0013\u0010nas.
\n4. Minera\u0018\u00e7\u00e3o de Dados Biol\u0013\u00f3gicos.
\n5. Algoritmos para a Predi\u0018\u00e7\u00e3o da Estrutura Tridimensional de Prote\u00ed\u0013\u0010nas.
\n6. M\u0013\u00e9todos Qu\u00e2nticos.
\n7. M\u0013\u00e9todos de Mec\u00e2nica Molecular.
\n8. Docking Molecular.
\n9. Simula\u0018\u00e7\u00e3o de Rea\u0018\u00e7\u00f5es Enzim\u0013\u00e1ticas.<\/p>\n

Aulas\/Conte\u00fado
\n1 Recep\u00e7\u00e3o aos alunos e discuss\u00e3o da sistem\u00e1tica da disciplina.
\n2 Descri\u00e7\u00e3o da estrutura tridimensional de biomol\u00e9culas.
\n3 Manipula\u00e7\u00e3o da estrutura tridimensional de biomol\u00e9culas. Sobreposi\u00e7\u00e3o de estruturas.
\n4 Discuss\u00e3o das ferramentas constru\u00eddas pelos alunos.
\n5 C alculos em arquivos PDB: dist\u00e2ncias, \u00e2ngulos e diedros.
\n6 Discuss\u00e3o das ferramentas constru\u00eddas pelos alunos.
\n7 Descri\u00e7\u00e3o da estrutura secund\u00e1ria em prote\u00ednas (aspectos te\u00f3ricos).
\n7 Descri\u00e7\u00e3o da estrutura secund\u00e1ria em prote\u00ednas (aspectos te\u00f3ricos).
\n9 Algoritmos de predi\u00e7\u00e3o de estrutura secund\u00e1ria.
\n10 Discuss\u00e3o das ferramentas constru\u00eddas pelos alunos.
\n11 Minera\u00e7\u00e3o de dados aplicada a estruturas 3D.
\n12 Discuss\u00e3o das ferramentas constru\u00eddas pelos alunos.
\n13 Discuss\u00e3o de artigos selecionados.
\n14 M\u00e9todos qu\u00e2nticos (aspectos te\u00f3ricos).
\n15 M\u00e9todos qu\u00e2nticos (aspectos pr\u00e1ticos).
\n16 Discuss\u00e3o dos resultados obtidos pelos alunos.
\n17 M\u00e9todos de mec\u00e2nica molecular (aspectos te\u00f3ricos).
\n18 M\u00e9todos de mec\u00e2nica molecular (aspectos pr\u00e1ticos).
\n19 Discuss\u00e3o dos resultados obtidos pelos alunos.
\n20 Simula\u00e7\u00f5es por din\u00e2mica molecular (aspectos te\u00f3ricos).
\n21 Simula\u00e7\u00f5es por din\u00e2mica molecular (aspectos pr\u00e1ticos).
\n22 Discuss\u00e3o dos resultados obtidos pelos alunos.
\n23 Modelagem comparativa (aspectos te\u00f3ricos).
\n24 Modelagem comparativa (aspectos pr\u00e1ticos).
\n25 Discuss\u00e3o dos resultados obtidos pelos alunos.
\n26 Docking prote\u00edna-prote\u00edna (aspectos te\u00f3ricos).
\n27 Docking prote\u00edna-prote\u00edna (aspectos pr\u00e1ticos).
\n28 Discuss\u00e3o dos resultados obtidos pelos alunos.
\n29 Docking prote\u00edna-ligante (aspectos te\u00f3ricos).
\n30 Docking prote\u00edna-ligante (aspectos pr\u00e1ticos).
\n31 Discuss\u00e3o dos resultados obtidos pelos alunos.
\n32 Discuss\u00e3o de artigos selecionados.
\n33 Simula\u00e7\u00e3o de rea\u00e7\u00f5es enzim aticas (aspectos te\u00f3ricos).
\n34 Simula\u00e7\u00e3o de rea\u00e7\u00f5es enzim aticas (aspectos pr\u00e1ticos).
\n35 Discuss\u00e3o dos resultados obtidos pelos alunos.
\n36 Semin\u00e1rio final.
\n37 Atividade de recupera\u00e7\u00e3o.<\/p>\n

CRIT\u00c9RIOS DE AVALIA\u00c7\u00c3O<\/strong><\/p>\n

Procedimentos e\/ou crit\u00e9rios de avalia\u00e7\u00e3o: A avalia\u00e7\u00e3o da disciplina ser\u00e1 baseada na realiza\u00e7\u00e3o e apresenta\u00e7\u00e3o de trabalhos, podendo ser suplantada pela discuss\u00e3o de artigos selecionados. A nota final ser a dada pela media das notas obtidas em cada uma das atividades realizadas.
\nConceitos ser\u00e3o gerados conforme as regras de convers\u00e3o que seguem:<\/p>\n

Aproveitamento de 90% a 100% – Conceito A
\nAproveitamento de 75% a 89% – Conceito B
\nAproveitamento de 60% a 74% – Conceito C
\nAproveitamento inferior a 60% – Conceito D
\nfreq\u00fc\u00eancia insuficiente \u00e0 disciplina (menor que 75%) – Conceito FF<\/p>\n

BIBLIOGRAFIA<\/strong><\/p>\n

B\u00e1sica Essencial
\nPhilip E. Bourne; Helge Weissig. Structural Bioinformatics. Wiley-Liss.<\/p>\n

B\u00e1sica
\nDavid L. Nelson; Michael M. Cox. Princ\u00edpios de Bioqu\u00edmica. Artmed
\nAndrew R. Leach. Molecular Modelling Principles and Applications. Pearson Prentice Hall, 2a ed.
\nNelson H. Morgon; Kaline Coutinho. M\u00e9todos de Qu\u00edmica Te\u00f3rica e Modelagem Molecular. Livraria da F\u00edsica.<\/p>\n

Outros
\nArtigos cient\u00edficos selecionados, distribuidos pelo professor.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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