A Ordem tem um Conselho composto pelo Ministro da Ciência e Tecnologia, que o preside na qualidade de Chanceler, e pelos Ministros das Relações Exteriores, do Desenvolvimento, Indústria e Comércio Exterior e da Educação. As propostas de admissão no quadro da Ordem podem ser apresentadas ao Chanceler pelos membros do Conselho, pela Academia Brasileira de Ciências ou por qualquer autoridade ligada à área da Ciência e Tecnologia. A Ordem dispõe de uma Comissão Técnica, constituída de nove personalidades de alto nível da área científica, incumbida de apreciar o mérito de cada proposta de nome para admissão.