Os estudos metagenômicos buscam a prospecção de genes de interesse biotecnológico. O processo experimental tem início com a coleta de amostras de DNA (ex. água, solo, bacias de rejeitos industriais, etc..), posteriormente a amostra é purificada, digerida e sequenciada sem a seleção prévia por nenhum loco em particular. Portanto, o objetivo principal é a prospecção, tentando encontrar genes, ainda hoje desconhecidos, mas que possam vir a ter um forte interesse biotecnológico. Numa etapa seguinte, estes genes são comparados com genes conhecidos operando funções importantes em: (i) processos industriais específicos, (ii) para produção de novos fármacos, ou mesmo para a (iii) descontaminação de áreas poluídas (via bioremediação). Existe ainda a possibilidade de realizar enriquecimento da biblioteca metagenômica na busca de genes relacionados a fenótipos biotecnológicos conhecidos para fermentação e digestão de determinados compostos químicos. 

Experimentos metagenômicos são geradores de grandes massas de dados, requerendo uma modelagem computacional bastante particular. O projeto BioFlows (CNPq Universal 14/2012) está centrado na definição de meta-modelos de processos metagenômicos e para o desenvolvimento de novas estratégias de aprendizado de máquinas que permitam a exploração sistemática dos dados gerados. Neste seminário vamos apresentar duas abordagens baseadas em aprendizado de máquinas para o problema de i) predição de genes e ii) análise funcional de comunidades de microorganismos. 

Serão apresentadas também oportunidades de bolsas DTI-TIC para atuar num projeto recém aprovado no edital MCTI/CT-Info/CNPq Nº 59/2013, envolvendo três desafios específicos (i – SW para Controle & Automação, ii – SW para Logística, iii – SW para Biodiversidade). 

Ronnie Alves concluiu Doutorado em Informática (Inteligência Artificial) pela Universidade do Minho (2008) sob a supervisão do Prof. Dr. Orlando Belo. Durante o doutorado foi pesquisador visitante no grupo de Data Mining/DAIS Lab (University of Illinois at Urbana Champaign) (USA) (2006) liderado pelo Prof. Dr. Jiawei Han e no grupo de Bioinformática (BIGS) da Universidade Pablo de Olavide (Sevilla, España) (2007) liderado pelo Prof. Dr. Jesus Aguilar-Ruiz. Publicou diversos artigos em periódicos especializados e trabalhos em anais de eventos. Sua pesquisa tem ênfase na área de mineração de dados e inteligência computacional aplicada em dados de negócios e científicos. Realizou pós-doutoramento em bioinformática no Institute de Biologie Valrose – CNRS UMR6543 (Nice, France) (2008-2010), e no Instituto de Informática da UFRGS (Porto Alegre, Brasil) (2010-2012). Atualmente é Pesquisador Adjunto e Docente permanente do Mestrado Profissional do Instituto Tecnológico Vale Desenvolvimento Sustentável; e Docente colaborador no Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação da UFPA. Ronnie Alves é membro do Comitê Gestor da Comissão Especial de Biologia Computacional (CE-BioComp) da Sociedade Brasileira de Computação (SBC).