Publicado em: 27/11/2009
Série de Seminários do INF, dia 27/11, com Profa. Rita de Almeida
Nesta sexta-feira, 27 de novembro, às 11h, a Profa. Rita M.C. de Almeida do Instituto de Física (UFRGS) irá apresentar palestra intitulada “Ordenando Genomas”, no auditório azul (prédio 43412) no Instituto de Informática.
Série de Seminários do Instituto de Informática da UFRGS
Sexta-feira – 27/11/2009
Horário: 11h
Local: Auditório Azul
Instituto de Informática
Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Título: Ordenando Genomas
Palestrante: Rita M.C. de Almeida Instituto de Física/UFRGS
Resumo:
Ainda nos resta muito a fazer para traduzir a decodificação de genomas em aplicações que sirvam tanto de evidências sobre a história evolutiva da vida na Terra, como para o entendimento do funcionamento de células e tecidos que possibilitem diagnóstico, prevenção e terapias de doenças.
Em uma colaboração do Instituto de Física com o Departamento de Bioquímica desta Universidade elaboramos um ordenamento do Genoma que possibilita a proposição de uma medida simultânea do funcionamento das diversas funções celulares (/transcriptograma/) através da análise de transcriptomas.
A partir da lista de interações de um dado organismo (obtidas no banco de dados do STRING), produzimos um algoritmo que procura um ordenamento do genoma capaz de revelar complexos de genes que interagem muito mais intensamente entre si do que com os outros genes do genoma. As funções celulares realizadas por estes complexos podem ser descritas por termos do Gene Ontology Project. Neste seminário discutiremos este algoritmo e seus resultados aplicados ao genoma do /Saccharomyces cerevisiae/, onde mostraremos um /transcriptograma/ do organismo evoluindo durante três ciclos em um experimento de fermentação, obtido a partir de transcriptomas disponíveis no banco de dados Gene Expression Omnibus (GEO).
Bio:
A Profa. Rita M.C. de Almeida é doutora pelo IF-UFRGS, professora Associado II, bolsista CNPq IC, com várias orientações de mestrado e doutorado.
Interesses: Modelagem de sistemas complexos, com especial atenção a problemas biologicamente motivados.
Várias colaborações multidisciplinares, em especial com o Depto de Bioquímica.