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Lista de Disciplinas | CMP198

Algoritmos para a Bioinformática e Biologia Computacional

Disciplina: Algoritmos para a Bioinformática e Biologia Computacional
Responsável: Prof. Dr. Márcio Dorn
Pré-Requisitos: Nível Intermediário de Programação
Carga Horária: 60 hs
Créditos: 4
Semestres Oferecidos: Primeiro semestre
Matrícula de Graduandos: A matricula deverá ser feita como Aluno Especial

Súmula
Esta disciplina explora a base teórica de algoritmos de aprendizado de máquina e de busca
heurística aplicados em diferentes domínios biológicos. Desenvolvimento e aplicação de métodos
computacionais, matemáticos e estatísticos para análise de dados omicos (Genômica e Proteômica).
Algoritmos e estratégias computacionais para problemas de atracamento molecular e predição de
estruturas proteicas.

Objetivos
Esta disciplina visa proporcionar ao aluno a construção de conhecimentos e habilidades acerca do
desenvolvimento e aplicação de métodos e estratégias computacionais para problemas no campo da
Bioinformática.

Programa
–  Noções básicas de biologia molecular e Bioinformática
–  Algoritmos e estratégias computacionais para análise de dados omicos
–  Conceitos de aprendizagem de máquina e suas aplicações à Bioinformática
–  Seleção de atributos e redução de dimensionalidade em dados biológicos
–  Aprendizagem supervisionado e suas aplicações na Bioinformática
–  Aprendizagem não supervisionada e suas aplicações na Bioinformática
–  Algoritmos de busca heurística em Bioinformática
–  Manipulação da estrutura tridimensional de biomoléculas
–  Algoritmos  para  atracamento  molecular  e  predição  da  estrutura  tridimensional  de
biomoléculas

Procedimentos e/ou critérios de avaliação:
A avaliação da disciplina será baseada na realização e apresentação de trabalhos, podendo ser
suplantada pela discussão de artigos selecionados. A nota final ser a dada pela media das notas
obtidas em cada uma das atividades realizadas.

Conceitos serão gerados conforme as regras de conversão que seguem:

Aproveitamento de 90% a 100% – Conceito A
Aproveitamento de 75% a 89% – Conceito B
Aproveitamento de 60% a 74% – Conceito C
Aproveitamento inferior a 60% – Conceito D
Freqüência insuficiente à disciplina (menor que 75%) – Conceito FF

 

BIBLIOGRAFIA

Básica Essencial
Philip E. Bourne; Helge Weissig. Structural Bioinformatics. Wiley-Liss.
Hugo Verli. Bioinformática: da Biologia à Flexibilidade Moleculares. Sociedade Brasileira
de Bioquímica. 2018. Ebook: https://www.ufrgs.br/bioinfo/ebook/

Pierre Baldi and Soren Brunak. Bioinformatics: The Machine Learning Approach. MIT Press; 2nd ed,
2001.

Sean Luke, 2013, Essentials of Metaheuristics, Lulu, second edition, available for free at
http://cs.gmu.edu/~sean/book/metaheuristics/

David L. Nelson; Michael M. Cox. Princípios de Bioquímica. Artmed
Artigos de revistas técnicas e anais de conferências na área, teses e dissertações.